Mengamati semua ini adalah serangga terpelajar dan agak sombong bernama Sebastian J. Cricket (Ewan McGregor), yang menceritakan kisah tersebut dan menemukan dirinya di dalam Pinocchio setelah Geppetto menggunakan bagian pohon yang didiami Sebastian sebagai tubuh Pinocchio. Sebastian ditugaskan oleh peri kayu untuk bertindak sebagai kompas moral dan hati nurani bocah kayu itu — sebuah tugas yang lebih berat daripada yang mungkin dipikirkan orang.
Pinocchio ini (disuarakan oleh Gregory Mann, yang juga menangani Carlo di adegan awal) pada awalnya menjengkelkan, terlalu bersemangat, impulsif, dan sangat mementingkan diri sendiri. Dengan kata lain, dia sangat mirip dengan kebanyakan anak kecil. Geppetto tercengang oleh fakta bahwa ukiran kayu kecilnya telah menjadi hidup, lalu mencoba membentuknya menjadi Carlo baru. Tapi Pinocchio punya rencana lain, begitu pula pemilik / grifter karnaval keliling bernama Count Volpe (Christoph Waltz), yang segera melihat potensi untuk memiliki boneka dalam pertunjukannya yang tidak membutuhkan tali.
Setiap versi Pinokio didasarkan seolah-olah pada novel Carlo Collodi tahun 1883 Petualangan Pinokio, tetapi del Toro tidak merasa berkewajiban untuk tetap setia pada buku atau versi Disney. Banyak elemen cerita yang fantastis, seperti Kucing dan Rubah, perjalanan Pinocchio ke Toyland/Pleasure Island, dan telinga keledainya yang tiba-tiba bertunas, tidak muncul saat dalang buku yang lebih jinak, Mangiafuoco, diubah menjadi jauh lebih banyak. antagonis utama jahat, Volpe.
Del Toro (yang ikut menulis skenario dengan Patrick McHale) juga menambahkan saudara perempuan peri kayu, Kematian (juga disuarakan oleh Swinton), yang kehadirannya membantu mendidik Pinocchio tentang apa artinya menjadi makhluk hidup. Del Toro juga mengatur petualangan Pinocchio dengan latar belakang kebangkitan Mussolini dan munculnya Perang Dunia II.
Menempatkan kisah supernatural tentang hilangnya kepolosan seorang anak dengan latar belakang perang menghubungkan Pinocchio dengan mahakarya live-action del Toro sebelumnya, Tulang Punggung Iblis dan Labirin PANtetapi di sini pelajarannya bukan tentang bagaimana keadaan ini merusak anak tetapi bagaimana Pinocchio melawan kekuatan yang menuntut agar dunia di sekitarnya menuruti keinginan mereka.
Gagasan bahwa makhluk harus dicintai apa adanya—dan tidak diperlakukan sebagai orang aneh atau monster—juga memberikan garis tematik langsung pada gagasan sutradara. Bentuk Air dan proyek impiannya yang belum terwujud, Frankenstein (berbicara tentang proyek mimpi yang belum dibuat, makhluk laut raksasa yang menelan Pinocchio dan teman-temannya pada satu titik dalam cerita jelas merupakan Lovecraftian, mungkin mengacu pada harapan del Toro yang belum terwujud untuk mengadaptasi karya penulis itu. Di Pegunungan Kegilaan).