Apa yang telah terjadi?
Setelah ayah Lyra, Lord Asriel membunuh Roger untuk membuka jendela antar dunia, Lyra dan Pan mengikuti Asriel dan berakhir di Cittàgazze – sebuah kota di mana semua orang dewasa telah melarikan diri atau diubah menjadi sekam tak berjiwa oleh Spectre (makhluk mengambang yang tertarik pada ‘Debu ‘ dan hanya menyerang orang dewasa, karena anak-anak tidak dikelilingi oleh partikel elementer). Di sana, Lyra bertemu dengan Will tanpa daemon, yang berlari melalui jendela dari Oxford-nya untuk melarikan diri dari Lord Boreal dan polisi setelah dia secara tidak sengaja membunuh pesuruh Boreal. Boreal secara teratur melakukan perjalanan antara dunia Lyra dan Will untuk mencari artefak termasuk Pisau Halus, yang dia harap ayah Will Kolonel John Parry – yang menghilang bertahun-tahun sebelumnya – akan dapat membimbingnya.
Alethiometer Lyra menyuruhnya mencari ‘Sarjana’ untuk mempelajari lebih lanjut tentang Debu, jadi Will membawanya ke Oxford untuk melakukan itu. Di sana, dia bertemu fisikawan Dr Mary Malone, yang mempelajari materi gelap/Debu menggunakan komputer kuantum. Ketika Mary menghubungkan Lyra ke komputer (cara untuk berkomunikasi dengan Dust, seperti alethiometer), dia sangat terkejut. Melalui itu, Mary mengetahui bahwa Malaikat adalah Debu, dan Malaikat pemberontak telah menghabiskan waktu berabad-abad membimbing penemuan manusia sebagai balas dendam pada Malaikat tirani yang dikenal sebagai ‘Otoritas’ (atau Tuhan monoteistik, yang disembah oleh Magisterium), yang ingin umat manusia tetap bodoh dan tunduk. . Seorang malaikat menginstruksikan Mary untuk melewati jendela Oxford ke Cittàgazze, di mana Malaikat akan melindunginya dari serangan Spectre, dan menggunakan I Ching untuk berkomunikasi dengan mereka dalam perjalanannya untuk membantu Lyra.
Di Will’s Oxford, Lord Boreal telah mencuri alethiometer Lyra dan memaksa Will mengambil Pisau Halus untuk mendapatkannya kembali. Jadi di Cittàgazze, Will dan Lyra memasuki Menara Malaikat dan Will memenangkan pisau dalam pertarungan (kehilangan dua jari dalam prosesnya) dan dinyatakan sebagai Pembawa berikutnya. Dia belajar bagaimana menggunakannya untuk membuka dan menutup jendela antar dunia, menggunakannya untuk mencoba mencuri kembali alethiometer, tetapi ditemukan oleh Boreal dan kekasihnya Marisa Coulter – ibu Lyra. Daemon Lyra dan Marisa bertempur dengan kejam dan Lyra serta Will kabur dengan membawa pisau dan alethiometer. Itu memberi tahu Lyra bahwa ayah Will masih hidup dan mereka harus menemukannya.
Ayah Will, John Parry, telah tinggal di dunia Lyra selama bertahun-tahun sebagai perdukunan Jopari (juga: penjelajah Stannislaus Grumman, yang kepala beku Asriel secara keliru mengira dia hadir di perguruan tinggi Lyra dalam presentasinya tentang Debu). Aeronaut Lee Scoresby, yang membantu Lyra dan rekannya. untuk melarikan diri dari Bolvangar di musim pertama, mencari Jopari karena dikabarkan dia bisa membawanya ke benda yang kuat (Pisau Halus) yang bisa melindungi Lyra. Lee bergabung dengan Jopari dan mereka pergi ke Cittàgazze untuk mencari pisau tersebut, tanpa menyadari bahwa pembawa barunya adalah putra Jopari, Will.
Lyra adalah subjek dari ramalan Penyihir kuno yang ibunya Mrs Coulter, dan Magisterium, habiskan musim untuk mencoba menemukannya. Mereka mengizinkan Nyonya Coulter untuk menyiksa Penyihir yang ditangkap untuk mendapatkan informasi, tetapi Ratu Ruta Skadi terbang untuk membunuh Penyihir itu sebelum dia dapat mengungkapkannya. Ruta juga menikam Kardinal, yang kemudian disuntik mati oleh Mrs Coulter yang menginginkan Pastor MacPhail yang lebih lunak berkuasa. MacPhail menyatakan perang terhadap para Penyihir, dan terpilih sebagai Kardinal berikutnya, tetapi dalam prosesnya menjadi musuh yang kuat.
Menggunakan alethiometer, Magisterium mengetahui bahwa Lyra adalah Hawa baru, yang ditakdirkan untuk digoda oleh ‘ular’ di Taman Eden, dan masa depan semua dunia akan bergantung pada pilihannya. Magisterium menyatakan perang terhadap Lyra dan mengirim tentara untuk membunuhnya sebelum dia bisa memenuhi ramalan itu.